År 1379 tillföll Wapnö Vadstena kloster genom testamente från Peter Ribbing, barnbarn till den heliga Birgitta. Efter att det hade friköpts 1409, indrogs det till kronan 1410, då ägaren Abraham Brodersen Baad dömdes att mista huvudet för brott mot "lands- och qvinnofrid". Godset återlämnades 1419 till Baads änka.
På 1500-talet tillhörde Wapnö norska ätten Urup och 1601 blev godset åter i dansk ägo hos släkten Beck. År 1661 köpte fältmarskalken greve Gustaf Otto Stenbock Wapnö och han var den förste svenske ägaren sedan Vadstena kloster. Sonen Magnus Stenbock tillträdde Wapnö och ägde det till sin död år 1717. Bevarat på Wapnö från Stenbockstiden är bland annat en svarv och ett självporträtt, där han sitter till häst, som troligtvis målades i dansk fångenskap.
År 1741 köpte generalmajor och landshövdingen i Kalmar län, sedermera fältmarskalken Georg Bogislaus Staël von Holstein, ena delen av Wapnö. Han grundade samma år Kosta glasbruk tillsammans med landshövding Anders Koskull. Den andra delen köptes tio år senare för 28 500 riksdaler. Wapnö har därefter varit i samma släkts ägo.
Det nuvarande slottet med flyglar, i typisk svensk 1700-talsstil, stod klart 1754. Samtliga byggnader är uppförda på en gammal borgholme. Framför norra flygeln står en av länets få runstenar, som flyttats till platsen under 1900-talet. Wapnö slott har med omgivande byggnader byggnadsminne- detta förklarades 1983.
Idag ägs det historiska Wapnö av aktiebolaget Wapnö AB med ca 85 anställda och är därmed en av de större arbetsgivarna i Halmstad kommun.